太平洋を航海する豪華客船アフロディーテ号。コナン、蘭、小五郎たち一行は、蘭の親友・園子に誘われ、その処女航海に参加していた。参加メンバーは、政財界・社交界のトップクラス。華やかな航海となった。しかし船中に不審な人物が暗躍、園子が襲われ監禁されてしまう。コナンの推理で園子は無事発見されるが、今度は殺人事件が発生する。被害者は、八代客船社長の八代貴江。その半月前に西多摩市で事故死した八代造船の設計士・八代英人の妻であった。続いて、八代グループ会長で、貴江の父・八代延太郎が船中から姿を消した・・・。