ある日、やまびこ村のかっぱ族に頭の花がしおれてしまう病気が蔓延してしまう。この病気を治すためには、東の海の先のハポン島に咲いているというハポンの花の花粉が必要らしい。そして、その花は頭に岩を乗せた岩かっぱ族が大切に栽培しているという。はなかっぱは家族の危機を救うため、仲間たちと一緒に獅子じゅうろく博士の開発した飛行船に乗って、いざハポン島へ。一方、蝶兵衛屋敷ではわか蘭奪取のため、がりぞー・アゲルちゃんもはなかっぱたちの後を追って、旅立つのであった。