刑期終了を間近に控えた囚人が脱獄を果たした。その男が操る錬金術に興味を惹かれたエドとアルは、男の跡を追って西の大国、クレタとの国境を目指す。彼らが辿り着いた先は、巨大な崖に周りを囲まれた街・テーブル・シティ。かつて「ミロス」と呼ばれていたこの地で、ふたりはジュリアという少女に出会う。少女の言葉に導かれ、エドたちはこの地に隠された、血塗られた歴史を知る。