時空を揺るがす最強の戦いが始まる。新たなる冒険の旅に出たサトシ&ピカチュウ、そしてヒカリたち一行は、可憐な女性・アリスと出会い、アラモスタウンへと向かう。その町のシンボルとされる<時空の塔>でポケモンコンテストが開催される。アラモスタウンには近頃、人々やポケモンたちに悪夢を見させる正体不明のポケモンが出現していた。