邪悪な電脳生命体・ネビュラグレイが「電脳世界」で始動。世界各地で非物質化現象が発生し、次々と「現実世界」が消滅していく。このまま、ネビュラグレイが完全体へと進化したとき、「現実世界」と「電脳世界」が逆転してしまう。そして地球は消滅し、巨大な電脳空間へと変貌するのだ。世界の平和を守るネットセイバー・光熱斗は、パートナーのネットナビ・ロックマンとともに、ネビュラグレイを破壊しようとする。が、行く手を阻む者が・・・。