元気で好奇心いっぱい、カクレクマノミの子供ニモは、初登校に大喜び。でも、ニモは 同級生たちに度胸のあるところを見せようと、心配性の父マーリンの制止を振り切って サンゴ礁の外に出たことから人間にさらわれてしまいます。マーリンは、「ニモをさらったボートを見た」と言う、親切だけど物忘れのひどいドリーを相棒に、ニモを探す果てしない海の旅へー。巨大なサメに追いかけられたり、アオウミガメの群れに助けられたりと想像もしなかった出来事ばかり。それでも、マーリンはニモに会いたい一心で旅を続けるのです。