織田信長によって一族を惨殺された伊賀忍者、葛籠重蔵はその怨念を織田亡き後、世を治める豊臣秀吉へと向ける。京への道中、敵か味方か定かではない謎のくノ一、小萩と出会い激しい恋に落ちる。重蔵の前に立ちはだかったのは、かつてのライバル風間五平。一生を陰の世界で生きることを嫌い、手柄を立てようと重蔵を追う。一方、五平の許婚。くノ一の木さるは重蔵への思慕から小萩と対決する。甲賀忍者との死闘、吉野山での暗殺未遂ついに重蔵は秀吉の居城・伏見城に忍び込む。果して秀吉暗殺計画は・・・。

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