旅を続けるサトシとピカチュウたちは、「ポケモンヒルズ」を見学するため、大都会ニュートークシティを訪れていた。そこへ突然、赤いゲノセクトたちがあらわれる!すさまじいスピードであらわれた赤いゲノセクトはサトシたちに襲いかかるが、その絶対絶命のピンチを救ったのは、なんと伝説のポケモン、ミュウツーだった。人の手によって生み出されたポケモン同士のバトルは、互いの限界を超えたポケモン史上最大最速のスピードバトルへ突入する!ゲノセクトを家に帰すと誓ったサトシ。サトシとピカチュウは街の危機を救い、ゲノセクトとの約束を果たすことが出来るのだろうか?

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