サトシとピカチュウらは山沿いを走る列車の中で、幻のポケモン「ケルディオ」が傷つき倒れているのを発見する。そこへケルディオを追ってきた地上最強のドラゴンポケモン「キュレム」が現れ、圧倒的な力でサトシらの前に立ちはだかる。その場はなんとか逃げ切ったものの、キュレムの追撃を受けて危機に陥る一行。しかし、サトシらの友情や勇気がケルディオの秘められた力を解放する。

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